WPFで透明のウィンドウを作るサンプルです。AllowTransparency="True"にして、WindowStyle="None"にして、Backgroundに低いOpacityのブラシを設定してやると透明になります。
<Window x:Class="Test.MainWindow"
xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
Title="MainWindow"
Height="350"
Width="525"
AllowsTransparency="True"
WindowStyle="None">
<Window.Background>
<SolidColorBrush Opacity="0.5" Color="White"/>
</Window.Background>
</Window>